De gemeente Alphen-Chaam en Waterschap hebben een samenwerking die ‘maaien bermen en watergangen’ heet. Samen hebben zij besloten om het Jakobskruiskruid niet actief te bestrijden. Dit is ook niet wettelijk verplicht. De nadelen van Jakobskruiskruid zijn bekend. Het is een giftige plant voor zoogdieren. Dieren die grazen laten de plant meestal met rust. Alleen als de plant in hooi voorkomt kan een dier het niet meer herkennen en is het gevaarlijk. Het hooi dat van bermen afkomt wordt niet als dierenvoer gebruikt.
Alle deelnemers aan de samenwerking ‘maaien bermen en watergangen’, hebben afgesproken hun bermen en watergangen overal waar het kan, ecologisch te onderhouden. Door op een bepaalde manier te maaien worden de levenskansen van flora en fauna verbeterd. Hierdoor vestigen en overleven er meer soorten planten en insecten. Voor de bermen is als extra doel gesteld om de leefomgeving van de bij te verbeteren. Maatregelen tegen Jakobskruiskruid zijn ook maatregelen tegen alle bloeiende kruiden en zijn daarmee in strijd met de doelstelling. Daarnaast is Jakobskruiskruid een inheemse soort- waar veel insecten – ook vlinder- en bijensoorten - direct of indirect afhankelijk van zijn.
In agrarisch gebruikt grasland waar een gesloten grasmat ligt, komt Jakobskruiskruid niet of bijna niet voor. In een akkerbouwperceel is Jakobskruiskruid een van de vele soorten onkruiden die willen kiemen in de zaaiklaar gemaakte grond, waar deze al bestreden worden door grondbewerking of chemische onkruidbestrijding. Paardenweides zijn een ander verhaal. Daarin heeft de zode vaak open plekken waar de zaden kunnen kiemen. Hier is sterkere bestrijding nodig.